工程热物理研究中心主要分为三个研究所，分别为：工程热物理强化传热研究所、微纳尺度传热及多相流研究所、微能源系统研究所。中心办公室统一管理三所。

   工程热物理强化传热研究所

   工程热物理强化传热研究所主要研究方向为复杂外场下的湿润动力学。主要职能、人员组成。

   微纳尺度传热及多相流研究所

   微纳尺度传热及多相流研究所主要研究方向为复杂外场下的湿润动力学。主要职能、人员组成。

   微能源系统研究所

   微能源系统研究所主要研究方向为复杂外场下的湿润动力学。主要职能、人员组成。

   中心办公室统一管理三所，中间设立学术委员会。